Celem Polskiego Towarzystwa Endokrynologii Ginekologicznej jest:

1)      działanie na rzecz rozwoju nauki o wydzielaniu wewnętrznym oraz promocji i ochrony zdrowia,
2)      działanie na rzecz rodziny, macierzyństwa, rodzicielstwa, upowszechniania i ochrony praw dziecka,
3)      propagowanie osiągnięć nauki i prozdrowotnych postaw,
4)      wspieranie działalności naukowej drogą przyznawania dotacji oraz nagród,
5)      prowadzenie kształcenia w zakresie endokrynologii ginekologicznej,
6)      współdziałanie w realizacji tych celów z innymi towarzystwami, instytucjami naukowymi i szkołami wyższymi,
7)      opracowywanie opinii dotyczących endokrynologii ginekologicznej.